29
十一月
2021
倪挺团队开发新算法揭示基因内含子多聚腺苷酸化的动态调控
基因组领域知名期刊《Genome Research》在2021年11月刊发表了复旦大学倪挺课题组题为“Cancer-associated dynamics and potential regulators of intronic polyadenylation revealed by IPAFinder using standard RNA-seq data”的方法学研究论文。该研究开发了可以基于常规RNA-seq数据推断基因中内含子poly(A)位点并定量其使用的生物信息学方法IPAFinder,利用IPAFinder可以帮助探索内含子多聚腺苷酸化在不同病理和生理条件下...
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16
九月
2021
倪挺团队揭示体细胞突变失活抑癌基因的潜在新机制
2021年9月11日,分子生物学领域国际知名期刊《核酸研究》(Nucleic Acids Research)在线发表了倪挺课题组题为“系统解析人类癌症中与内含子多聚腺苷酸化事件关联的体细胞突变(Comprehensive characterization of somatic variants associated with intronic polyadenylation in human cancers)”的研究论文。该研究发现基因剪接位点附近的体细胞突变可导致相关内含子中的poly(A)位点使用异常升高,产生截短转录本,影响原有...
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10
九月
2021
《自然·生物技术》刊发国际组学数据质量控制联盟最新研究成果
​美国东部时间2021年9月9日上午11:00,国际权威学术期刊《自然·生物技术》(Nature Biotechnology)在线发表了5篇最新科研论文,专题发布了国际组学数据质量控制联盟第四期(MAQC-IV,亦为“测序质量控制第二期SEQC2”)的最新研究成果。该项目由美国食品药品监督管理局(FDA)牵头,历时5年多,聚集了来自全球100多个单位的300多位科学家参与。通过建立和使用一系列基因组参考物质,国际组学数据质量控制联盟对众多新一代测序平...
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23
八月
2021
王鹤王成彦课题组发表基于心脏磁共振成像的表型研究的标准探讨成果
近日,《表型组学》(Phenomics)在线发表了复旦大学王鹤和王成彦课题组题为Recommendation for Cardiac Magnetic Resonance Imaging-based Phenotypic Study: Imaging Part的综述文章。该综述梳理了目前临床上多版心脏磁共振成像(Cardiac magnetic resonance,CMR)扫描共识,并参考UK Biobank和本中心的队列研究经验,从结构表型、功能表型、组织特征、血流动力学和分子代谢表型层面提出了一套针对心脏影像表型的标准化提取方案...
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09
八月
2021
​人类表型组研究院丁琛团队大规模鉴定DNA表观遗传修饰转录因子阅读器
转录是将遗传信息由DNA复制到RNA的过程,是蛋白质生物合成的第一步,相当于对DNA进行“解码”和“翻译”的起始。转录因子是调控生物体转录过程的重要物质。转录因子(TF)在几乎所有生物过程(包括分化、发育、细胞周期控制和细胞凋亡)和基因表达模式中都发挥着关键作用。根据科学家的研究,人类基因组中约有1500个转录因子编码基因。转录因子可特异性识别下游靶基因,并随后一起构建出转录(TF)或转录共调节子(TC)与DNA的复合体,...
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08
三月
2021
倪挺教授课题组开发新型单细胞聚类和批次效应矫正网络分析方法
​单细胞RNA-seq技术可揭示细胞间异质性,发现新的功能亚群,解析细胞谱系分化,发现疾病新标志物等,具有重要价值并成为遗传学研究的重要前沿。2021年2月22日,分子生物学领域国际知名期刊Nucleic Acids Research在线发表了复旦大学生命科学学院及人类表型组研究院倪挺课题组题为“Independent component analysis based gene co-expression network inference (ICAnet) to decipher functional modules for better single-cel...
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24
二月
2021
复旦大学王久存、金力团队研发预测我国平原地区居民高原习服能力的复合表型分析方法
​2021年2月22日,《表型组学》(Phenomics)期刊首期以封面论文形式在线发表了复旦大学生命科学学院及人类表型组研究院王久存教授和金力院士团队的最新研究成果。该团队自主研发了应用复合表型策略的分析方法,通过对人体复合生理表型指标的分析,可有效预测我国平原人群在高原习服慢性期的血氧饱和度变化,进而发现个体的高原习服能力与习服慢性期血氧饱和度呈显著相关。此外,研究团队指出,该复合表型分析方法可以作为一种...
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20
一月
2021
我院陈兴栋团队构建肝癌发病预测模型
原发性肝癌是一种常见且预后较差的恶性肿瘤。据估计,全球每年约有80万例新发肝癌患者(其中超过一半的病例发生在我国),由肝癌导致的死亡人数约为50万。肝癌病因较多,且分布不均,这为肝癌的预防控制带来了挑战。近日,国际权威流行病学期刊International Journal of Epidemiology在线发表了复旦大学人类表型组研究院陈兴栋青年研究员团队题为“Global trend of aetiology-based primary liver cancer incidence from 1990 t...
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14
一月
2021
陈兴栋研究组在代谢相关脂肪性肝病领域取得新进展
脂肪肝是一种常见的疾病中间状态,是肝硬化和肝癌等终末期肝病的主要病因之一,其人群的患病率约为20-30%。临床上通常根据病因的不同,将脂肪肝区分为酒精性脂肪肝和非酒精性脂肪肝(NAFLD)。2020年,一组来自23个国家的肝病专家,提议将NAFLD更名为代谢相关脂肪性肝病(MAFLD) ,此举在肝病界引发热议。近日,国际权威胃肠肝病学期刊Clinical Gastroenterology & Hepatology(中科院1区;IF = 8.549)在线发表了我院陈兴栋青...
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