个人简介
2021/07—至今 复旦大学生命科学学院 特聘教授
2015/01—2021/06 中国科学院 特聘研究员
2013/01—2021/06 上海科技大学 特聘教授（兼）
2012/01—2018/12 中科院-马普计算生物学研究所 马普青年科学家小组组长
2010/11—2021/06中科院-马普计算生物学研究所 研究员、博士生导师
2009/11—2021/06中科院-马普计算生物学研究所 研究组长(PI)
2006/07—2009/11中科院-马普计算生物学研究所 助理研究员、副研究员
研究方向
群体组学/人类遗传/分子进化/生物信息学/计算生物学
发展和运用群体遗传学方法和计算生物学手段，致力于研究人群遗传结构、环境适应和微观进化等方面的科学问题；在Science, Nature, Cell, PNAS, NSR, Nat. Commun., Cell Sys., AJHG, NAR, Genome Biology等期刊共发表SCI收录学术论文150多篇、其中责任作者论文100多篇、IF>10的论文50多篇、被引用6300多次、责任作者论文单篇最高被引用630多次。成果多次入选F1000优秀论文、期刊“亮点论文”、Science，Scientific American等专文报道。承担国家自然基金委重大研究计划集成项目、重点项目、面上项目、新冠应急专项、中科院先导专项、上海市市级重大专项、科技部重点研发计划等研究课题；曾获中科院青年科学家奖、中科院院长奖（导师）、教育部自然科学一等奖、国家自然科学二等奖等。
获奖情况
入选国家万人计划科技创新领军人才（2021.12）
2021年度上海市生物信息学会杰出贡献奖（2021）
格致论道科学传播大使（2021）
Journal of Genetics and Genomics （《遗传学报》）2020年度优秀编委奖（2020）
英国皇家学会—牛顿高级访问学者（剑桥大学）（2019～2022）
遗传与发育协同创新中心2019年度“十大科技进展”（2020）
2019年度中国生物信息学十大进展（2020）
2019年度中国生物信息学十大数据库（2020）
入选科技部中青年科技创新领军人才（2018）
中科院院长奖（导师）（2018）
入选上海市优秀学术带头人计划（2016）
入选“中国科学院特聘研究员” -- 特聘核心骨干（2015）
中国科学院青年创新促进会（首届）“优秀会员”（2015）
国家杰出青年科学基金 （2015）
国家自然科学二等奖（第2完成人）（2015）
中国科学院上海分院“青年五四奖章”（2015）
上海市遗传学会杰出贡献奖（2015）
中国科学院青年创新促进会2012-2013年度“优秀会员”（2013）
上海市第六届青年科技英才提名奖（2012.11）
入选国家“万人计划”第一批“青年拔尖人才”（2013）
中科院青年科学家奖（2012）
中科院上海生科院-美国礼来公司优秀毕业论文导师奖（2012）
中科院上海分院第三届杰出青年科技人才奖（2012）
教育部自然科学奖（一等）（第2完成人）（2012）
上海市科技启明星（2011）
全国百篇优秀博士学位论文（2011）
入选首届中国科学院青年创新促进会（2011）
复旦大学优秀博士学位论文（2010）
上海市优秀博士学位论文（2009）
法国赛诺菲-安万特-上海生科院青年人才奖（2009）
日本明治乳业生命科学奖（2009）
中国科学院卢嘉锡青年人才奖（2009）
招生专业
遗传学/分子生物学/生物信息学/计算生物学
代表论文
1、Xixian Ma, Shuhua Xu*. Archaic introgression contributed to the pre-agriculture adaptation of vitamin B1 metabolism in East Asia. iScience. 2022. doi:10.1016/j.isci.2022.105614.
2、Xiaohan Zhao#, Sen Ma#, Baonan Wang#, Xuetong Jiang, The Han100K Initiative and Shuhua Xu*. PGG.MHC: toward understanding the diversity of major histocompatibility complexes in human populations. Nucleic Acids Research. 2022. doi: 10.1093/nar/gkac997.
3、Yimin Wang#, Yunchao Ling#, Jiao Gong#, Xiaohan Zhao, Hanwen Zhou, Bo Xie, Haiyi Lou, Xinhao Zhuang, Li Jin, The Han100K Initiative, Shaohua Fan*, Guoqing Zhang* and Shuhua Xu*. PGG.SV: a whole-genome-sequencing-based structural variant resource and data analysis platform. Nucleic Acids Research. 2022. doi:10.1093/nar/gkac905.
4、Hao Chen#, Rong Lin#, Yan Lu, Rui Zhang, Yang Gao, Yungang He*, Shuhua Xu*. Tracing Bai-Yue ancestry in aboriginal Li people on Hainan Island. Molecular Biology and Evolution. 2022. doi:10.1093/molbev/msac210.
5、Rui Zhang#,Xumin Ni#, Kai Yuan#, Yuwen Pan, Shuhua Xu*. MultiWaverX: modeling latent sex-biased admixture history. Briefings in Bioinformatics. 2022. 23(5):bbac179.
6、Zhaoqing Yang, Hao Chen, Yan Lu, Yang Gao, Hao Sun, Jiucun Wang, Li Jin, Jiayou Chu*, Shuhua Xu*. Genetic evidence of tri-genealogy hypothesis on the origin of ethnic minorities in Yunnan. BMC Biology. 2022. 20:166.
7、Yuwen Pan, Panhong Liu, Fang Wang, Peng Wu, Fanjun Cheng, Xin Jin, Shuhua Xu*. Lineage-specific positive selection on ACE2 contributes to the genetic susceptibility of COVID-19. National Science Review. 2022. 9(9):nwac118.
8、Haiyi Lou#*, Bo Xie#, Yimin Wang#, Yang Gao, Shuhua Xu*. Improved NGS variant calling tool for the PRSS1–PRSS2 locus. Gut. 2022. doi: dx.doi.org/10.1136/gutjnl-2022-327203.
9、Yuwen Pan#, Chao Zhang#, Yan Lu#, Zhilin Ning, Dongsheng Lu, Yang Gao, Xiaohan Zhao, Yajun Yang, Yaqun Guan, Dolikun Mamatyusupu and Shuhua Xu*. Genomic diversity and post-admixture adaptation in the Uyghurs. National Science Review. 2022. 9(3):nwab124.
10、Haiyi Lou#*, Yang Gao#, Bo Xie#, Yimin Wang#, Haikuan Zhang, Miao Shi, Sen Ma, Xiaoxi Zhang, Chang Liu, Shuhua Xu*. Haplotype-resolved de novo assembly of a Tujia genome suggests the necessity for high-quality population-specific genome references. Cell Systems. 2022. 13:1-13.
11、Lian Deng#, Yuwen Pan#, Yinan Wang, Hao Chen, Kai Yuan, Sihan Chen, Dongsheng Lu, Yan Lu, Siti Shuhada Mokhtar, Thuhairah Abdul Rahman, Boon-Peng Hoh, Shuhua Xu*. Genetic connections and convergent evolution of tropical indigenous peoples in Asia. Molecular Biology and Evolution. 2022. 39(2):msab361.
12、Rui Zhang#, Chang Liu#, Kai Yuan, Xumin Ni, Yuwen Pan and Shuhua Xu*. AdmixSim 2: a forward time simulator for modeling complex population admixture. BMC Bioinformatics. 2021. 22:506.
13、Kai Yuan#, Xumin Ni#, Chang Liu#, Yuwen Pan#, Lian Deng#, Rui Zhang#, Yang Gao, Xueling Ge, Jiaojiao Liu, Xixian Ma, Haiyi Lou, Taoyang Wu and Shuhua Xu*. Refining models of archaic–modern human admixture in Eurasia with ArchaicSeeker 2.0. Nature Communications. 2021. 12:6232.
14、Xixian Ma#, Wenjun Yang#, Yang Gao, Yuwen Pan, Yan Lu, Hao Chen, Dongsheng Lu, Shuhua Xu*. Genetic origins and sex-biased admixture of the Huis. Molecular Biology and Evolution. 2021. 38(9):3804-3819.
15、Lan-Tao Gou, Yang Gao, Jun-Yan Kang, Xin Wang, Hao Chen, Min-Min Hua, Zheng Li, Dangsheng Li, Xiang-Dong Fu, Hui-Juan Shi*, Shuhua Xu* and Mo-Fang Liu*. Reply to Lack of evidence for a role of PIWIL1 variants in human male infertility. Cell. 2021. 184(8):1943-1944.
16、Yang Gao#, Chao Zhang#, Liyun Yuan#, YunChao Ling, Xiaoji Wang, Chang Liu, Yuwen Pan, Xiaoxi Zhang, Xixian Ma, Yuchen Wang, Yan Lu, Kai Yuan, Wei Ye, Jiaqiang Qian, Huidan Chang, Ruifang Cao, Xiao Yang, Ling Ma, Yuanhu Ju, Long Dai, Yuanyuan Tang, The Han100K Initiative, Guoqing Zhang, Shuhua Xu*. PGG.Han: The Han Chinese Genome Database and Analysis Platform. Nucleic Acids Research. 2020, 48(D1):D971-D976.
17、Chao Zhang#, Yang Gao#, Zhilin Ning#, Yan Lu#, Xiaoxi Zhang, Jiaojiao Liu, Bo Xie, Zhe Xue, Xiaoji Wang, Kai Yuan, Xueling Ge, Yuwen Pan, Chang Liu, Lei Tian, Yuchen Wang, Dongsheng Lu, Boon-Peng Hoh, Shuhua Xu*. PGG.SNV: Understanding the evolutionary and medical implications of human single nucleotide variations in diverse populations. Genome Biology. 2019, 20:215.
18、Chao Zhang#, Yang Gao#, Jiaojiao Liu, Zhe Xue, Yan Lu, Lian Deng, Lei Tian, Qidi Feng, Shuhua Xu*. PGG.Population: a database for understanding the genomic diversity and genetic ancestry of human populations. Nucleic Acids Research. 2018, 46:D984–D993.
