工作经历
2008年获得暨南大学生物技术专业理学学士学位，2011年获得暨南大学生物化学与分子生物学专业理学硕士学位，2015年获得复旦大学药理学专业理学博士学位。之后，在复旦大学生命科学学院从事博士后研究（2015-2017年）。自2017年7月起，任职于复旦大学，先后担任青年副研究员、副研究员。
主要从事转录组数据可靠性研究，创新转录组数据质控指标信噪比，创建转录组数据整合方法比值法，建立转录组标准物质作为测量标准，促进了转录组产业高质量规范化发展，支撑高质量表型组学研究及临床转化。
已发表SCI学术论文50余篇，其中24篇以（并列）第一作者或通讯作者身份，发表于Nature Biotechnology、Nature Cancer、Nature Communications (2)、Nature Protocols、Nucleic Acids Research、Genome Biology (5)、EMBO Journal等杂志，SCI引用3600余次，h-index 22。任Scientific Data杂志编辑。主持国家重点研发计划课题、国家自然科学基金青年基金、中国博士后科学基金特别资助和面上资助项目，参与国家级和省部级科研项目10余项。
研究方向
利用高通量测序技术和生物信息学手段，主要聚焦于以下两个方向：
(1) 转录组数据质量控制与标准化：研究转录组数据的可靠性和质量控制方法，推动其在精准医学中的应用，保障数据质量并促进数据标准化，为临床决策提供高质量的基础数据。
(2) 肿瘤发生发展的分子机制及个体化精准用药：基于基因组和转录组数据分析，深入探讨肿瘤的分子机制，并结合基因和转录组信息制定精准用药方案，从而为肿瘤治疗提供更加精准和高效的治疗策略。
招生专业
生物信息学、遗传学、人类表型组学
获奖情况
上海市浦东新区“明珠菁英人才”，2024
代表论文
1、Yu Y#, Hou W#, Liu Y#, Wang H#, Dong L#, Mai Y, Chen QW, Li Z, Sun S, Ying J,… , Xu J*, Qian F*, Zhang R*, Shi L*, Zheng Y*. Quartet RNA reference materials improve the quality of transcriptomic data through ratio-based profiling. Nature Biotechnology, 2024, 42(7):1118-1132.
2、Yu Y#, Hou W#, Chen Q#, Guo X, Sang L, Xue H, Wang D, Li J, Fang X, Zhang R*, Dong L*, Shi L*, Zheng Y*. Construction of RNA reference materials for improving the quantification of transcriptomic data. Nature Protocols, 2025, https://doi.org/10.1038/s41596-024-01111-x
3、Yu Y*, Mai Y, Zheng Y*, Shi L*. Assessing and mitigating batch effects in large-scale omics studies. Genome Biology, 2024 3;25(1):254.
4、Zhang N#, Chen Q#, Zhang P#, Zhou K, Liu Y, Wang H, Duan S, Xie Y, Yu W, Kong Z, Ren L, Hou W, Yang J, Gong X, Dong L, Fang X, Shi L, Yu Y*, Zheng Y*. Quartet metabolite reference materials for inter-laboratory proficiency test and data integration of metabolomics profiling. Genome Biology, 2024, 25(1):34.
5、Jiang YZ*#, Ma D#, Jin X#, Xiao Y#, Yu Y#, Shi J#, Zhou YF, Fu T, Lin CJ, Dai LJ,… , Zheng Y*, Huang W*, Shao ZM*. Integrated multiomic profiling of breast cancer in the Chinese population reveals patient stratification and therapeutic vulnerabilities. Nature Cancer, 2024, 5(4):673-690.
6、Yu Y#, Zhang N#, Mai Y#, Ren L#, Chen QC, Cao Z, Chen QW, Liu Y, Hou W, Yang J, Hong H, Xu J, Tong W, Dong L, Shi L*, Fang X*, Zheng Y*. Correcting batch effects in large-scale multiomics studies using a reference-material-based ratio method. Genome Biology, 2023, 24(1):201.
7、Tian S#, Zhan D#, Yu Y#, Liu M, Wang Y, Song L, Qin Z, Li X, Liu Y, Li Y, Ji S, Li Y, Li L, Wang S*, Zheng Y*, He F*, Qin J*, Ding C*. Quartet protein reference materials and datasets for multi-platform assessment of label-free proteomics. Genome Biology, 2023, 24(1):202.
8、Yu Y#, Wang Y#, Xia Z, Zhang X, Jin K, Yang J, Ren L, Zhou Z, Yu D, Qing T, Zhang C, Jin L, Zheng Y*, Guo L*, Shi L. PreMedKB: an integrated precision medicine knowledgebase for interpreting relationships between diseases, genes, variants and drugs. Nucleic Acids Research, 2019, 47(D1): D1090-D1101.
9、Wang J#, Yu Y#, Shen H, Qing T, Zheng Y, Li Q, Wang S, Li N, Chai R, Xu B, Liu M, Brindley JP, McManus PD, Shi L, Hu W*. Dynamic transcriptomes identify biogenic amines and insect-like hormonal regulation for mediating pairing/reproductive development in Schistosoma japonicum. Nature Communications, 2017, 8: 14693.
10、Yu Y#, Fuscoe JC#, Zhao C, Guo G, Jia M, Qing T, Bannon DI, Lancashire L, Bao W, Du T, Luo H, Su Z, Jones WD, Moland CL, Branham WS, Qian F, Ning B, Li Y, Hong H, Guo L, Mei N, …, Shi L*, Wang C*. A rat RNA-Seq transcriptomic BodyMap across 11 organs and 4 developmental stages. Nature Communications, 2014, 5: 3230.
