分子表型核酸组学平台依托复旦大学人类表型组研究院，基于上海市级重大专项建设而成，是具备全流程标准化基因组与转录组数据生产与分析能力的技术平台，覆盖从样本制备到生物信息解读的全环节。平台以“标准化”为核心竞争力：主导制定ISO国际标准（ISO/TS 22690:2021），研制获批8项国家一级标准物质（覆盖基因组/转录组领域），为数据的高可靠性与可重复性奠定基石。通过融合自动化操作与多节点质控体系，平台显著提升数据准确性，并首创性建立核酸组学标准物质作为行业测量基准，推动产业规范化发展。相关技术成果在Nature Biotechnology、Genome Biology等顶刊发表论文10余篇，其中《基于“中华家系1号”标准物质提出多组学分析的质量控制指标和整合方法》入选《中国2023年度重要医学进展》，彰显国际领先地位。平台已支撑上海市重大专项核心队列、乳腺癌精准医学队列等关键项目，为人类表型组学研究及临床转化提供强力技术引擎，助力生命科学与精准医学的创新突破。标准化筑基国际标准和国家标准双驱动核酸组学的核心优势在于国际领先的标准化能力。平台不仅主导制定了ISO国际标准 (ISO/TS

分子表型蛋白质组平台拥有多项自主知识产权的核心组学技术，构建了标准化、高覆盖、高通量、高灵敏度的蛋白质分子表型测量体系，聚焦非靶向蛋白质组、靶向定量蛋白质组、翻译后修饰组（如磷酸化组、乳酸化蛋白质组、泛素化蛋白质组、乙酰化蛋白质组）、蛋白互作组等多维研究方向，并创新建立了低丰度转录因子的富集检测与解析方法。平台集成数据依赖采集（DDA）、数据非依赖采集（DIA）、并行反应监测（PRM）和多重串联质谱（MSⁿ）等多种前沿质谱技术，形成协同互补的检测体系，显著提升了灵敏度、覆盖度和定量准确性。打造出国际领先的多维蛋白质组学整体解决方案，广泛应用于生命科学研究、疾病机制解析、生物标志物发现与精准医学等领域。国际领先的蛋白质组检测平台目前，平台拥有11台国际领先的蛋白质组检测仪器：一台Thermo Scientific Orbitrap Astral Mass Spectrometer；一台Thermo Scientific Orbitrap Ascend Tribrid Mass Spectrometer；两台Thermo Scientific Orbitrap Fusion Lumos T

分子表型代谢组平台，自主研发了多项超灵敏、超高通量代谢组定量分析突破性技术，覆盖非靶向代谢组、超高通量全局靶向代谢组、脂质组、元素组以及代谢流组等，自主建立了针对微量完全未知代谢物绝对结构的准确鉴定技术体系。通过多项超灵敏度、超高覆盖度和超高通量的代谢组检测技术协同互补，打造国际一流分子表型代谢组学综合解决方案，为前沿生命科学研究与精准医学赋能。仪器设备简介平台拥有自主知识产权的新型试剂群、创新技术体系和专属数据库，并基于严格的质控标准，建立了规范化的操作流程。核磁共振与质谱结合型平台，最先进的设备，完备的功能目前，平台拥有：2套自动化样本前处理工作站（图1A）；2套600MHz核磁共振仪（图1B）；12套UHPLC-DAD-QTRAP/ QQQ-MS联用仪，9套 UPLC-DAD-QTOF-MS高分辨联用仪，3套 GC-FID/MSD联用仪，1套 UHPLC-DAD-ICP-MS联用仪（图1C）。图1 分子表型代谢组平台设备02完善的标准品及数据库，严格的质控体系拥有包涵数千个内源性小分子代谢物的标准品库及数据库、涵盖绝大多数常见的代谢途径、对代谢物定性/定量分析提供可靠保障。严格的

细胞表型平台作为“人类表型组”国际大科学计划的重要实施平台，致力于建设成为标准化的人体细胞组成、形态和功能高精度量化研究平台。平台基于免疫组学手段构建表型测量体系，建立了外周血免疫细胞精细分型体系和全血免疫刺激体系，对包括固有免疫细胞和获得性免疫细胞（如中性粒细胞、嗜酸性粒细胞、嗜碱性粒细胞、单核细胞、树突状细胞、自然杀伤细胞、T细胞和 B细胞等）进行精细分群，还可以对重要免疫细胞的功能状态进行评估和刻画，为大型队列研究提供了免疫功能评估的标准化解决方案。该套方案已应用于多个队列人群的研究，生成了上千人的免疫表型数据。平台将继续深度挖掘表型信息，对代表性人群的免疫表型进行跨时空的系统研究，以更好服务于基础科学研究和精准医疗。平台设计了数个全新的、经过系统优化的多色流式细胞术抗体 Panels，对人体全血免疫细胞表型进行深度分析。该多色流式细胞术方案共纳入 51 种经过验证的流式细胞术抗体，包括识别不同的免疫细胞亚群的细胞谱系标志物抗体，以及在鉴定免疫细胞亚群的同时评估其功能状态的细胞表面功能标志物抗体。该套方案能够对人体外周血中包括固有免疫细胞和获得性免疫细胞等主要的免疫细胞亚群进行精

人体微生物组是当今科研最热门的研究领域之一。利用宏基因组学技术，结合生物化学相关检测手段，可以准确地解析宿主-微生物互作关系，对人体健康程度进行无创评估与监测，推进新药研发与个体化用药，协助慢性病的早期诊断与治疗。本平台依托于复旦大学人类表型组研究院和生命科学学院，拥有在人体微生物组学研究领域一流的技术团队，同时采用先进的运营管理模式，以期运用人体微生物组和生化检测技术手段来推动疾病预测、健康管理、新药研发等领域的发展，为国家精准医疗工作的开展打下坚实基础。目前本平台拥有粪便、口腔、鼻腔、皮肤、阴道等多个人体部位和样品的微生物组检测项目及血液样品的生化检测项目，微生物组和生化检测样品的收集、运输、存储、处理、检测和数据分析工作采用统一的标准化流程，发展高通量、高准确性、高专业性的人体微生物组和生化检测的规范化技术方法及相关的标准。平台团队与复旦大学附属中山医院、复旦大学附属华山医院、上海交通大学附属第九人民医院、中国科学院上海营养与健康所、国科大杭州高等研究院、浙江大学以及华中科技大学等开展多项合作，相关研究成果发表在Nature Microbiology、Nature Aging、N

空间组学是近年新兴的组学技术，在保留组织空间原位的条件下，整合转录组、蛋白组、表观组等多组学信息，系统解析生物体内分子、细胞及组织水平的空间分布与互作网络。该技术突破了传统组学缺乏空间信息的局限性，能够揭示细胞生态位特征和组织功能的空间调控机制，为理解生命过程的时空动态提供了革命性研究工具。本平台依托于复旦大学人类表型研究院，拥有在空间组学领域一流的技术团队，在细胞生态和微环境研究、发育与疾病图谱、再生医学、以及神经、肿瘤和免疫等众多生物医学应用领域具有广阔前景，且极大地推动生命科学和医学的发展，支撑“国际人类表型组计划”和“系统生物学研究设施”等国家战略布局。目前本平台可全面支持校内外科研团队在空间组学、基因分子表型分析、免疫表型鉴定、功能验证等领域的创新研究需求。平台配备包括空间转录组Bruker CosMx SMI、10x Genomics Xenium，空间蛋白组Akoya PhenoCycler-Fusion，功能验证平台Bigfoot全光谱超速单细胞分选仪、实时单细胞多模态分析仪、活体成像转盘共聚焦显微镜等在内的先进设备，并由经验丰富的专业技术团队负责设备运维、方法开发及实